Die Habsburger Zeit 1526–1742
Nach dem Tod des böhmischen Königs Ludwig II. in der Schlacht bei Mohács (1526) kam die böhmische Königswürde an Ferdinand I. aus dem Hause Habsburg. 1526–1742 waren die Habsburger als Könige von Böhmen gleichzeitig auch Herzöge von Schlesien. Ferdinand I. war von 1558 bis 1564 Kaiser des Heiligen Römischen Reiches. Ab 1521 war er als Erzherzog von Österreich Herrscher in den habsburgischen Erblanden und ab 1526/1527 König von Böhmen, Kroatien und Ungarn. Bereits zu Lebzeiten seines Bruders, des Kaisers Karl V., wurde er 1531 zum römisch-deutschen König gewählt und als letzter deutscher König in Aachen gekrönt.
Im 16. Jahrhundert wurde fast ganz Schlesien protestantisch. Bekannte schlesische Reformatoren waren unter anderem Johann Heß und Caspar von Schwenckfeld, auf dessen Theologie sich die noch bis ins 17. Jahrhundert in Schlesien vertretenen Schwenkfeldianer beriefen. Auch die radikal-reformatorische Täuferbewegung bildete in Schlesien Gemeinden aus (Gabrieler). Die Verfolgungen der Protestanten im Zuge der in habsburgischen Landen nach 1620 durchgeführten Gegenreformation wurden in Schlesien durch Toleranzvereinbarungen beendet. Im Jahr 1537 setzte der Liegnitzer Herzog Friedrich II. entgegen den Vereinbarungen die brandenburgischen Hohenzollern als Erben ein, wurde aber schon 1546 zum Widerruf dieses Erbvertrags gezwungen. Als 1675 der letzte Herzog aus der herzoglichen Linie von Liegnitz, Georg Wilhelm, starb, der zugleich der letzte Piast war, erhob Kurbrandenburg Anspruch auf dessen Herzogtümer. Später konstruierte der Preußenkönig Friedrich II. daraus einen Anspruch auf ganz Schlesien für Preußen. Seit der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts war Schlesien das wirtschaftlich wichtigste Gebiet der Habsburger Monarchie.